O COMUPLAN tem como “principais funções a formulação, o monitoramento, a fiscalização e a avaliação das políticas públicas de desenvolvimento urbano previstas no Plano Diretor e nos outros instrumentos legais que compõem o sistema municipal de planejamento urbano”.
Em termos de organização, a estrutura atual do COMUPLAN (figura acima) – tendo como Presidente o Secretário de Atividades Urbanas, e como Suplente o Secretário de Administração, ambos nomeados pelo Chefe do Executivo e a ele diretamente subordinados – fere um dos princípios elementares de organização, que é o Princípio da Separação. Ou seja: “Não se deve atribuir a uma unidade, atividades e funções que tenham por destino controlar [fiscalizar] atividades e funções dessa mesma unidade” (ROCHA, Luiz Oswaldo Leal da. Organização e métodos: uma abordagem prática. 3ª ed. São Paulo: Atlas, 1982, p. 165.
É impossivel para o COMUPLAN "monitorar, fiscalizar e avaliar" a implementação do Plano Diretor, se existir qualquer tipo de subordinação ao Chefe do Poder Executivo. Por isso, na pág. 193, o "Estatuto da cidade: guia para implementação pelos municípios e cidadãos", editado pela Câmara dos Deputados (2002), esclarece que "os conselhos de desenvolvimento urbano [...] são parte integrante do Poder Executivo, mas independente dele. O conselho é o órgão em que a sociedade civil participa do planejamento e da gestão cotidiana da cidade". Por esse motivo, o posicionamento do COMUPLAN no organograma do Poder Executivo deve ser o seguinte (figura abaixo):
